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" srcset="本条目拆分自条目反恐精英Online/大灾变，主要介绍大灾变模式的相关剧情
注：本条目的相关剧情内容源自反恐精英Online官方的灾变剧情整理视频，并基于视频内容进行了小部分冲突情节的润色处理
前传——病毒的起源和超级战士计划
- 此处剧情对应生化模式剧情。
故事的一切要从这个世界日渐紧张的局势谈起——
在当时，一些不满于财产分布不均的人建立了恐怖组织，而为了应对恐怖组织，各国设立了反恐怖分子组织。而两个阵营间的对立也在不断加深。为了防止在对抗恐怖分子时产生过高的军事损耗，在美国政府的主导下，秘密展开了一项能够用于镇压恐怖分子，将人体能力提升至极限的超级战士计划。而这个计划的负责人是一个名叫Rex的研究所所长。然而，尽管付出了大量的人力物力，Rex博士日以继夜的研究却没有什么进展。
【生化模式：暮色修道院】
就在研究一筹莫展之际，博士收到了一封匿名的信件，信件里提到了在欧洲一个名叫乔治镇的地方发生的“尸体行走”事件，信件里还详细标记了具体位置。Rex博士认为这是一个千载难逢的机会，而自己也不想再让计划搁置太久。因此他派遣了一队研究人员前往乔治村，并着手调查这个镇子。
【生化模式：镇魂之地】
有谣言说，在20世纪初，这里曾来过一支狂热信仰着女巫和火的秘密宗教团体，他们计划在这里举行集会，而当地政府为了借此巩固自己的权力和发言权，对这支宗教团体进行了拷打和屠杀。然而不知是否是因为他们的怨气未能消散，这些被屠杀的尸体散发出一种恶臭，并变异出了一种未知的病毒。这种病毒会利用宿主的身体进行传播，而为了寻找新的宿主，这些宿主会本能地去攻击并感染其他人来扩散病毒。为了不让病毒扩散，欧洲联合政府在严密的控制下对该区域实行了完全封锁。
然而，研究人员还是成功采集了一部分样本并转交到了Rex博士手中，在这之后，Rex博士还在研究所的地下设施内新开辟了一处B1区域借此继续进行研究。
【爆破模式：生化研究所】
某一天，一个名叫杰西卡的记者对研究所感到好奇并潜入了研究所，同时发现了B1区域。但这么做无疑惹恼了Rex博士，因此她被捕并成为了实验对象……
在经过了无数生物实验后，Rex博士创造出了一种新病毒，并且以他的名字命名为“Rex病毒 ”。本以为这是超级战士计划的里程碑，但这些实验体却失去了理智并开始攻击周围的研究人员。而这些实验体的表现和那封信件中提到的“僵尸”的行为十分相似。无奈之下，Rex博士只好承认了计划的失败，并且将这些实验体全都封存在B1区域。
另一边，对于超级战士计划反感的一批人想要阻止这项计划，因此成立了恐怖组织AFC。与此同时，原SAS军官出身的大卫·布莱克原本自愿参加超级战士计划实验，却在目睹了无数非人道的实验后，对政府失去了信心，因此他在和AFC组织相遇后，以提供情报为条件加入了AFC组织，转而对抗政府。
AFC组织渗透进了研究所，杀死了无数研究人员并摧毁设施，而接到夺回研究所命令的反恐部队和AFC组织展开了激战。在逃生通道被堵住的情况下，AFC组织以同归于尽的心态在研究所安放了C4并将其引爆，负责引爆C4的人正是早应被确认为阵亡的爆破天才——安娜。
【生化模式：生化危机】
然而，这些人的噩梦才刚刚开始。爆炸造成的冲击让一部分人坠入了B1区域，就在AFC组织和反恐部队四目相望的时候，传来了奇怪的尖叫，他们发现这些尖叫的来源就是B1区域作为实验体被囚禁的“人们”。但在解救他们的过程中，他们发现了不对劲的地方——这些人的身上明明有多处可以导致死亡的严重伤势，但却依然笔直地站立着。显然这些实验体就是超级战士计划的失败产物，被称为“僵尸”的存在。察觉到活物气息的僵尸们对他们进行了疯狂的追捕，而这两支部队不得不在僵尸的追击下疯狂逃窜。
【生化模式：生化危机II】
另一方面，接受到了反恐组织的求救信号，救援小组为了进入B1区域，决定通过爆炸损伤最小的C5区域进入B1区域。但此处也埋伏了大量的僵尸伏击救援小组，就在救援小组即将支撑不住的情况下，以杰西卡为首的，在病毒实验中幸存下来的实验体——超级战士们，发挥了出色的表现，成功击退了僵尸。
【生化模式：生化危机III】
事件结束后，原本包含超级战士计划在内的一切应该被公之于众，但因为实验毫无人道，除了“僵尸”这一存在被揭露在大众视野之外，涉及到超级战士的相关资讯都被媒体彻底封锁了起来。而Rex博士也因为创造出了僵尸而受到了全球的谴责，实验成果、地位、金钱，全都被剥夺了。然而Rex并不打算就此放弃，从来没有经历过失败的他无法承认如今的局面，他依旧沉溺在超级战士的研究中。由于政府切断了对他的资金支持，而研究所也被AFC组织摧毁，因此Rex博士选择在一座偏远城市的工厂，以自给自足的方式进行研究。
某天，一个军需公司联系上了Rex，他们对超级战士的计划十分感兴趣，并且对Rex提出了一笔交易：他们会在财力资源上充分支持Rex，而作为回报，他们希望Rex能够完成超级战士计划。对于如今的Rex博士来说这个公司的交易无疑是对他抛出橄榄枝，因此他欣然接受了这比交易，利用这笔庞大的资金助力加快了超级战士的研究速度。
在此期间，REX的新研究所不光出现了实验体逃离的情况，一些病毒甚至通过下水管道泄露到了城市供水系统里。但当地的政府却掩盖了这一信息，对外宣称这只是一个传染病，并且对这种现象置之不理。结果传染病后失踪事件开始日益频发。当地民众看到了原本荒废的工厂又开始运作，并看到有尸体出入后，上报了更上一级的政府，在派出新的调查组进行调查后，发现该工厂俨然已经成为了一个源源不断产生僵尸的制造厂，而且在逐渐占领该城市。政府无奈之下选择了对城市进行完全封锁，于是病毒完全失控，并在城市内无休止地传播，最终将一座繁华的都市变异成了“失落之城”。
事后，政府虽然尝试过派遣监视部队调查过这座城市，但很快就失去了联系。与此同时，为了抵抗僵尸，反恐部队开始不断招募部队组建一股“反僵尸”部队，并且组建了Aegis研究所，这座研究所成立的目的有两个：一是为反僵尸部队开发能够有效反制僵尸的兵器，二是研究能够净化病毒的方案。
与此同时，失联的调查小队深入到了工厂内部，他们发现了Rex博士惊人的研究进度，并准备上报上级，但这时他们才发现他们的通讯网络早已瘫痪，整个调查小队被困在了实验室里。雪上加霜的是，调查小队遭遇了已经完成但仍未向外公开的新型感染体。好在经过一段时间的血战，调查小队最终还是切断了工厂内的所有电力成功炸毁了工厂。但僵尸却依旧没有停止涌出，并且调查小队也彻底失去了联系。为了拯救幸存者并调查情况，政府派遣了以安德烈为首的先遣小队尝试进入城市进行调查。
EP0——先遣部队的终局
- 此处剧情对应大灾变序章三大关
【大灾变：失落之城、黑暗之门、地狱围栏】
抵达失落之城的先遣部队从一开始就遇到了麻烦，首先是无线电突然出现了莫名的故障，随后直升机遭受了来历不明的袭击，情急之下先遣部队迫降在了城市中，而噪音将城市中大量的僵尸吸引了过来，先遣部队不得不在城市中抵御僵尸的袭击。
击退了僵尸后，先遣部队在一座废弃建筑内重新进行整顿，发现无线电的故障并非意外，有人在试图阻碍他们的调查。队员们尝试和政府取得联系时，突然感觉到了奇怪的动静，队员们赶去后却发现没有任何人影，只有一个用途不明的电波装置，而电波装置的信号瞬间将大量僵尸吸引了过来，尽管先遣部队立刻调整状态迎击僵尸，却依然无法阻止队员一个接一个的被感染死去。
就在安德烈以为一切都要就此结束时，一阵震耳欲聋的咆哮声让僵尸停止了攻击并撤离了现场。而重新出现在安德烈面前的，是Rex博士本人。
Rex对着安德烈滔滔不绝地表示自己就是这次僵尸事件的主谋，自己可以控制僵尸等等，而之所以会口无遮拦地将一切告知给安德烈，二人都心知肚明，知道真相的人是不可能活着出去的。
随着Rex博士的重新下令，僵尸们再次蜂拥而上，在Rex博士的冷笑中，先遣部队的所有成员迎来了自己的结局……
EP0.5——索伊的绝命时刻
- 此处剧情对应绝命档案
【绝命档案：Z病毒泄露事件】
就在先遣部队抵达前不久，一名名为“索伊”(注)早期版本在每日任务页面中翻译为“晓儿”，后改为现译名的研究员正在昏迷之中醒来。
索伊并非是一般的研究员，她曾经憧憬着作为科学家的Rex博士，并且加入了他手下的研究所成为了首席研究员，而Rex博士也对她百般信任。但索伊见识到了超级战士计划推进期间的各种残忍手段，反对博士的所作所为。结果自己也差点成为实验品之一。在某天索伊与Rex博士争论期间，恰巧爆发了生化研究所爆破事件，此事件导致索伊陷入昏迷。
醒来后的索伊发现自己正身处一间不知名的病房内，刚苏醒的她并不知道发生了什么事，满脑子只剩下一个念头：找到Rex博士，但就在逃出医院的途中索伊却发现此处尸横遍野，并且出现了大量的僵尸。曾经与Rex共事过的索伊立马就认出了这是Rex的产物。索伊利用之前从Rex那边得知的僵尸弱点一边与僵尸进行着周旋一边试图逃离，同时她也取得了病毒样本希望可以制作疫苗以遏制病毒的进一步扩散。在行进至停车场时索伊恰好从旁边死去警察的对讲机中收到了发布的居民撤离通知，之后索伊利用遗落的警方的武器装备成功逃离。
【绝命档案：逃出失落之城】
成功出逃后索伊发现这是位于失落之城的一间医院，与此同时对讲机那边也传来了撤离点位于加油站的消息。索伊一路在已经变成死城的城市街巷中穿梭一边小心清理着游荡的僵尸，最终发现加油站已经变成一片火海，只能返回并移开旁边挡路的军火店卡车以另找出路。
就在索伊走到军火店附近时，恰好看见政府的先遣小队正搭乘直升机进入失落之城，索伊试图呼救但没有得到回应，只能另寻他路，在寻找公园的排水阀时索伊也得知了政府准备隔离城市。在排空公园水池的有毒废水后索伊找到了公园后门的钥匙取得灭火器后浇灭了军火店门前的大火，但军火店大门紧闭，索伊只能从旁边的建筑跳到军火店楼顶，但军火店也已经失守只剩下满地尸骸。幸得内部枪械弹药充足索伊才得以突破僵尸包围从军火店后门离开。
【绝命档案：绝望中的挣扎】
在离开军火店后已是黑夜，索伊此时饥渴交加，只能从附近的餐厅中寻找食物。就在离开餐厅后索伊从对讲机中得知政府准备下令对城市进行空袭。当索伊走到附近的一处建筑工地后政府恰巧在此时发动了空袭，意识到时间不多的她立马加快脚步，利用起重机逃离了工地来到了附近的一座公园。
在逃亡的路上索伊发现公路已经被完全堵塞，而第二轮空袭即将到来，碰巧附近居然存在一位幸存者，索伊希望他能带走自己。在索伊听从幸存者的指示用水箱灭掉路面上的大火时，突然遭到僵尸的攻击，千钧一发之际那位幸存者及时赶到将袭击索伊的僵尸全数杀死。原来这名幸存者是此前在Rex研究所见到过的AFC组织成员：大卫·布莱克。大卫深知索伊与Rex不是一路人，因此愿意将索伊救出失落之城，最终两人冒着空袭的风险一同逃出了失落之城。
EP1——搜救行动与神秘的突变生物
- 此处剧情对应大灾变第一季
【大灾变：异乱之战】
另一方面，由于政府迟迟没能收到先遣部队的联系，维克特组建了一支部队投入了战斗并尝试搜寻先遣部队，但当他们赶到时，先遣部队已经全军覆没。
通讯兵费雷斯在安德烈的尸体上找到了他临终前还带着的手册，上面记载了他们来到失落之城后所记载的一切资料，这本手册也成为了维克特的部队追踪Rex博士的线索。
但当他们攻入到伪装成普通建筑的研究所时，Rex博士释放了尚处于实验阶段的异形斗兽袭击维克特的部队，既是为了消除入侵者，同时也是为了测试这类新型实验体的实力。
只是和先遣部队不同，维克特的部队拥有更为精良的武器以及更强的战斗素养，因此异形斗兽没能阻止维克特的部队，被成功击杀。
【大灾变：生化魔方】
在击毙异形斗兽后，以维克特为首的一部分队员从异形斗兽的尸体上提取了样本准备返回，而另一部分队员则准备作为进攻部队深入到研究所内部。
就在打开研究所的大门的同时，进攻部队收到了来自情报局的崔智云上尉的撤退命令。但进攻部队队长认为，好不容易才渗透到研究所内部，如果现在撤出去，很可能会失去解决这场僵尸危机的线索。
就在进攻部队队长思索是否要违抗命令时，崔智云上尉突然传来了一道秘密通讯：在进攻部队队长汇报了他们的具体坐标后，她切断了与上级的通讯，并同意进攻部队调查研究所内部，但她希望进攻部队能够在研究所内部的一些特定区域进行调查。
在目前的情况下，崔智云的做法等于是公然违抗政府的命令，但进攻部队并不知道她到底想在这里调查什么。在不寻常的感觉下，进攻部队遵循崔智云的命令对特定区域进行了搜查，最终发现了通往研究所核心设施的秘密通道。
感受到情况直转急下的Rex博士在匆忙之下将尚未完成的奥伯恩、狄欧斯(注)国服将狄欧斯误翻为狄米欧，且迄今仍未修正、急速型异形斗兽释放了出来试图阻拦进攻部队。但由于这些实验体尚未完成，奥伯恩和狄欧斯无视了指令尝试逃脱城市。只留下了急速型异形斗兽留在通道口阻截进攻部队。好在势单力薄的急速型异形斗兽无法抵挡住进攻部队持久的火力，进攻部队最终成功击毙了急速型异形斗兽，并提取了血液样本。
【大灾变：穷途末路】
尽管研究所内的急速型异形斗兽成功被消灭，但另一边的情况却不怎么顺利，虽然狄欧斯和奥伯恩在一处建筑工地内成功被另一支部队包围住，但奥伯恩却在这时吞噬了本应是同伴的狄欧斯，并冲破了这支部队的包围网。
想要在这种情况下捕获奥伯恩已经不可能了，因此针对奥伯恩的捕获作战被迫改为歼灭作战，这支部队最终在建筑工地击杀了奥伯恩，彻底终结了失落之城的噩梦。此后政府下达了空袭命令，整座失落之城被夷为平地。
失落之城事件后，索伊向政府自首，承认了自己要对超级战士计划负起一定的责任，得到了政府的认可，并且为了解决僵尸危机，加入了Aegis研究所。而大卫·布莱克则回到AFC组织继续活动。
索伊的加入对于Aegis研究所来说简直是雪中送炭，作为Rex研究所的原首席研究员，索伊的知识为Aegis研究所的大量项目作出了杰出贡献，甚至完善了Aegis研究所最新研发出的代号为【Skull】的第一批反僵尸武器，在日后对抗僵尸的战斗中发挥了极大的用处。
由于大卫·布莱克救出了包括熏以及索伊在内的一部分幸存者，因此他在幸存者之间名声大噪。但大卫认为，熏这个孩子比较特别，他的直觉认为熏能活下来并不是单纯因为运气好，而是有什么特别的理由。在此之后，熏也跟随大卫加入了AFC的阵营中。
EP1.5——异形标本运送行动与先驱者的袭击
- 此处对应机甲风暴剧情以及第六章《绝境杀戮》关卡
【机甲风暴：沙漠废墟】
在异形斗兽被击杀后，维克特负责率领一支小队护送异形斗兽样本，考虑到此次任务的首要目标是将样本安全送达，因此维克特选择了通过不会有僵尸出现的沙漠地带进行迂回。然而在小队行进到沙漠地带后，突然遭受到了来历不明的炮火袭击，小队不得不撤进一座废弃建筑。好在样本依然完好无损，但他们此刻也面临着被围追堵截的危险。根据侦查部队所报告的信息，袭击他们的并不是僵尸，而是一支由重火力步兵和空降兵组成的神秘部队。尽管不知道这支部队的身份以及他们是如何发现护送小队的踪迹的，但显而易见的是这支部队明显是盯上了异形斗兽样本。
权衡利弊后，维克特当即下令兵分两路，维克特以及大部分小队成员会继续护送样本撤离，而第三分队则留在废弃建筑中假装保护样本牵制住这支神秘部队的进攻。事实证明维克特的判断是正确的，这只神秘部队果然认为样本还留在第三分队手中，因此他们没有注意到护送小队的撤离。然而在和神秘部队进行了漫长的交战后，一架RAH-66科曼奇武装直升机突然出现并支援神秘部队攻击第三分队。好在第三分队灵活利用了建筑中的掩体，配合空中掩护成功击落了这架科曼奇，并逼退了神秘部队。
【机甲风暴：灼热炼狱、末路古堡】
这次行动对于护送小队来说无疑是打了一记强心剂，而第三分队很快传来报告，他们对科曼奇上遗留下来的黑匣子进行了解析，虽然完全解析还需要一点时间，不过目前已经解析出了敌人的身份，袭击他们的部队是由一个名叫先驱者的公司所派遣的精锐部队。而这支部队很显然已经提前得知了他们的行动细节，否则是不可能在荒无人烟的沙漠地带对他们发动精准打击的。
不过，第三分队给护送小队带来的喜悦并没有持续太久，因为先驱者公司又发现了真正护送样本的小队，因此他们再次派出大量精锐部队尝试包围维克特等人并强行夺走样本。而维克特的护送小队在和第三分队汇合后不得不选择正面突破先驱者的包围圈。只是先驱者完全没有打算放弃对他们的进攻，为此甚至不惜将第二架科曼奇部署在了护送小队附近。但这架科曼奇也被护送小队击落，而撤离部队的V-22鱼鹰也及时赶到预定地点，准备接送维克特的小队撤离。
然而，先驱者的增援部队依然紧紧黏着维克特的部队不放。如果让增援部队追上他们，那么运载他们的鱼鹰也会有危险。因此一支小分队自愿留下，并部署在了附近的一座古堡内将所有先驱者的增援部队拦在了河岸对面，成功掩护护送小队冲出了先驱者的包围网。
【机甲风暴：石破天惊】
护送小队在逃离沙漠城市后不久，在空中遭到了大量先驱者无人机的攻击，面对此状况小队成员只能在维克特的带领之下在飞机内部朝外射击以保护飞机不被击落。
但所幸天无绝人之路，就在此时恰巧在飞机下方路过的武装列车烈焰号收到了维克特发出的求救信号，车上的红色蜥蜴佣兵团团长吉姆在得知维克特的困难之后决定出手相救。然而现在还有两个坏消息：首先从目前的情况来看，即使断后小队牵制住了先驱者的增援部队，他们的行踪也依然被先驱者掌握着；其次，周围涌出的无人机数量实在是过于庞大，吉姆认为出现这种规模的无人机部队，唯一的可能就是他们在护送小队附近部署了一架大型空中作战单位。
果不其然，一台搭载着大量无人机的武装鱼鹰随后出现在了众人的视野中并不断投放无人机，不过护送小队还是暂时将武装鱼鹰的攻势给逼退，并且得以成功降落在烈焰号上，而先驱者的地面部队则通过其他列车对烈焰号发起了攻击，但在护送小队与红色蜥蜴的佣兵合力之下击退了先驱者的进攻，在之后顺利摧毁了席卷而来的武装鱼鹰，并且回收了武装鱼鹰上残留的无人机数据。
【机甲风暴：沙漠车站】
维克特在吉姆的口中得知原红色蜥蜴佣兵团的二把手诺曼为了先驱者提供的巨大利益而背叛了佣兵团加入了先驱者并成为了先驱者的作战参谋，而他在加入先驱者后做的第一件事就是拿自己的老东家当投名状，在诺曼的指示下先驱者除了追击维克特的护送小队以外还对佣兵团驻地——一座沙漠车站发起了攻击。尽管护送样本的任务依然是重中之重，但吉姆对维克特他们有救命之恩，因此维克特答应帮助吉姆击退先驱者的攻击，而作为交换吉姆也答应事成之后佣兵团将会与政府达成合作关系。在稍作整顿后，众人在沙漠车站中建立了防线，不断抵御先驱者的部队。
面对久攻不下的沙漠车站，诺曼逐渐失去耐心，将尚处于开发阶段的XT-300机甲部署在了车站中准备将吉姆等人一举拿下，但最终XT-300被护送小队击破，出师不利的诺曼只能暂时退兵，而护送小队代表政府与吉姆达成合作后继续踏上行程，吉姆则继续驾驶烈焰号驰骋在轨道上。
【大灾变：绝境杀戮】
在与吉姆分道扬镳后，维克特继续带领护送小队进行异形斗兽的样本运输任务。然而，先驱者的部队再一次包围了他们，并且作为作战参谋的诺曼在这次包围行动中首次出现在了维克特的面前。他向维克特保证，只要维克特愿意交出样本，就会给留给他们作为俘虏的尊严。然而从吉姆那里听说过诺曼背叛事迹的维克特打心眼里瞧不起这个甘愿当叛徒的卑鄙小人。就在二人僵持之际，支援部队发现了维克特等人的坐标，在判明维克特等人的身份后，对诺曼等人进行了轰炸，并成功帮助维克特的部队逼退了诺曼的部队，可诺曼似乎并不担心这次的失手，反而自信满满地打算瞧瞧维克特的“好运”能维持多久。
不论如何，支援部队的攻击总算是给了护送小队喘息的机会，让他们得以继续前进。由于在之前和先驱者的作战中分出了一支狙击小队拦截先驱者的增援部队，因此维克特决定和这只狙击小队在预定地点汇合。
然而，意外从这一刻开始接二连三地出现在了他们的身边：首先是一只神秘的怪物在他们前往汇合地点的路上不断地在阻挠他们，然而这只怪物和之前他们迎战的先驱者部队截然不同，不仅没有什么精密装备，攻击方式甚至和僵尸几乎别无二致；其次，在抵达汇合地点后，他们发现在这里待命的狙击小队遭遇了袭击全员阵亡，维克特他们只能忍痛回收他们的狗牌和装备，并且向总部进行呼救；然而收到呼救讯号后，之前还在帮助他们的支援部队突然一反常态对维克特所在的区域实施了无差别轰炸，而总部的通讯竟然表示“对我军造成的任何伤亡一概不过问”；更蹊跷的是，维克特的好友兼现任国安局首席辅佐官的伊芙琳不断顶着信号干扰的状态和维克特通讯，恳求维克特停止前进，并且表示狙击小队的全灭并不是偶然而是有人蓄意为之。但维克特的同期兼好友，同时也是现任国安局局长的陈先生随后掐断了伊芙琳的通讯，以老朋友的身份警告维克特【不要再固执地下达愚蠢的命令了】。突如其来的一切让维克特等人很不解，但至少有一点可以肯定的是，有什么人在暗中诱导维克特他们一步步迈入现在的情况。
而在抵达原定的撤离地点后，诺曼带领大量XT-300包围了维克特等人，除了维克特，所有的小队成员都因为被诺曼下达了击杀命令而被XT-300射杀。维克特十分悲痛却又无可奈何，而当陈先生出现在他面前时，他才意识到这一切都是他的这位老朋友在暗中捣鬼。随着XT-300押送维克特并将其囚禁起来，这次异形斗兽的样本护送行动也以失败告终——小队几乎全军覆没、先驱者公司最终得到了异形斗兽的样本开始相关研究、就连作为国民英雄的维克特也在这次行动后对外宣布失踪…
事实上，陈先生为了自己的利益，私底下和诺曼达成了一笔交易，维克特的行踪也是陈先生故意泄露给诺曼的，这也可以解释为什么维克特他们明明选择了通过沙漠路线迂回却一直在遭受先驱者部队的精准打击，因为从一开始护送小队的所有行踪和决策就就都暴露在了先驱者的眼皮底下。
然而，陈先生的如意算盘并没有持续太久——在得知维克特失踪的消息后，伊芙琳向上级举报了陈先生的通敌行径，陈先生因此被逮捕，并供出了维克特被囚禁的地点。伊芙琳在索伊的协助下火速派出营救部队部队赶到了现场救出了饱受折磨的维克特。不过诺曼他们早有准备：原先追击维克特的那只神秘怪物被定名为The·O，并且安装了先驱者公司提供的装甲作为囚禁维克特场所的“看门人”。但在营救小队的努力下，即使有着先驱者技术的加持，这个怪物也还是被成功击毙。之后，索伊也见到了维克特，对于索伊他们的协助能够让自己的战友们安息，维克特的内心只有感谢。之后，为了报答索伊他们，维克特加入到了索伊的团队中。
只是，维克特还是不明白：为什么曾经的朋友会为了利益去和诺曼同流合污。因此在这次事件结束后，维克特决定当面质问陈先生，不论如何都要问个明白。然而隔天，维克特只看到了陈先生冷冰冰的尸体——他在维克特被救出后的隔天就被人秘密谋杀，就好像是有什么人想要堵住陈先生的嘴一样……
EP2——加勒比海的噩梦和不断进化的突变生物
- 此处剧情对应大灾变第二季
【大灾变：剧毒之伤】
一年后的某一天，加勒比海的某个岛屿上持续发生了失踪事件，政府认为这可能只是恐怖组织为了金钱而制造的人质事件，因而没有过多注意这件事，但这座岛屿突然间失去了联系。这情况和一年前的失落之城事件简直如出一辙。政府认为这绝对不是什么巧合，Rex博士很可能就藏匿在岛屿上，因此政府派遣了LS特种部队，分成Alpha、Bravo、Charlie三支小队前往这座岛屿搜索Rex博士的信息，而负责给LS特种部队提供信息简报的，则是现任Aegis研究所成员的索伊。
然而，搜查过程并不顺利，先行登陆岛屿的Charlie小队遭到了挤满岛屿的僵尸的伏击，Bravo小队则在后续探索森林的过程中遭到了不明怪物的伏击，对此毫不知情的Alpha小队虽然抵达了小岛的中心区域，但没有找到任何有关Rex博士的线索。就在准备撤离之时，袭击Bravo小队的真凶出现在了Aplha小队面前——原来是一年前曾在失落之城出现过的，和代号“狄欧斯”的大型怪物十分相似的个体，从造型上看这只狄欧斯尚处于原型阶段，虽然还没完全进化完成，但依然具有较高的威胁。Alpha小队不得不和狄欧斯进行周旋。所幸尚处于原型阶段的狄欧斯并没有特别强大的战斗能力，因此很快在队员们的火力压制下表现出了虚弱状态。索伊认为这是能够捕获狄欧斯的大好机会，而就在Alpha小队试图进行捕获时，狄欧斯突然再次活动起来，将Alpha小队逼退后独自逃离了现场。
【大灾变：下水道】
尽管狄欧斯逃出了Alpha小队的包围，但刚才的战斗无疑使其元气大伤，索伊认为不能错过这个机会，因此本部希望Alpha小队继续追踪狄欧斯并尝试将其捕获。
然而狄欧斯这种在陷入危机时不选择和敌人死战到底而是选择撤离的做法在迄今为止目击到的大型突变体中也是首例，因此本部也提醒Alpha小队：虽然首要目标依然是捕获，但如果出现了意料之外的情况，允许Alpha小队就地歼灭狄欧斯。
Alpha小队根据狄欧斯的踪迹追踪到了一处下水道，并发现了正在疗伤的狄欧斯。然而此时却出现了大量的僵尸围攻Alpha小队，因此Alpha小队不得不暂时中断追捕行动就地展开防御。而狄欧斯不仅借助丧尸围攻Alpha小队的间隙撤出了包围网，甚至利用下水道的各个死角对Alpha小队展开了突袭。虽然Alpha小队最终还是成功存活了下来，但狄欧斯却在这次的战斗中逐渐发生了变异，并且破坏了下水道再次潜逃。
实际上，狄欧斯是故意将Alpha小队引诱到下水道中，为的就是在这个对Alpha小队完全不利的空间中将其一网打尽。虽然计划没能得逞，但因为下水道的破坏Alpha小队也遭受了不小的损失而不得不原地休整。
这次的行动向所有人都揭示了狄欧斯的恐怖之处：与曾经遭遇的大型突变体不同，现在的狄欧斯已经成长成了一个具备高度智慧的大型突变体。在这种情况下，不要说捕获狄欧斯了，就连将其歼灭也变得十分困难。因此Aegis研究所决定放弃捕获狄欧斯，重新制定针对狄欧斯的歼灭行动。
【大灾变：致命陷阱】
由于这次行动的损失，LS部队的队长决定组建Delta部队，和Alpha部队一同进行追捕狄欧斯的行动。
Aegis研究所在Alpha小队的下水道一战后，重新制定了狄欧斯歼灭行动的具体规划：Delta部队会携带一种能够吸引僵尸的特殊信号波发射装置——Z诱饵，将狄欧斯吸引到岛屿中的一座废弃工厂，随后Alpha部队再和Delta部队合力击杀狄欧斯。
然而，Delta部队再运送Z诱饵的攻击中突然遭受了不明怪物的袭击而全军覆没。虽然不明白发生了什么，但Alpha小队只能被迫接过Delta小队的任务，将Z诱饵回收并投放到指定位置，并来到了原定的废弃工厂。
结果被吸引而来的不是狄欧斯，而是一种名叫炎魔的新突变体，很显然Delta小队的全灭和它离不开关系。炎魔的火焰能力对Alpha小队造成的严重的伤害，所幸索伊发现可以利用工厂周围的管道排放的冷却液压制炎魔的火焰，Alpha小队凭借这个特性成功击杀了炎魔。
炎魔操纵火焰的能力也给了Aegis研究所灵感，开发出了继SKULL系列后的又一种针对僵尸的Balrog系列武器。
只是，这次行动的最终目的依然没有达成：Delta小队因为炎魔的袭击导致全军覆没；而不管狄欧斯和炎魔之间有什么联系，炎魔都或多或少帮助狄欧斯牵制住了Alpha小队的步伐，让其得以再次从众人眼皮子底下溜走。
而世界外面的情况也不容乐观：虽然人类的武器在日渐进步，但病毒也是如此，以Z病毒为首，有一部分僵尸已经不只能靠啃咬来传播病毒：有一些僵尸在自身内部进化出了大量爆炸性物质，并且通过自爆的方式扩散病毒；也有一部分僵尸能够将手臂延展至不可思议的距离来贯穿人类进行感染(注)腐化暴君、痛苦女王；还有一部分僵尸甚至能够通过主动注射药物来强化自身的能力(注)初版痛苦女王的技能【羽化】，而之前Alpha小队和狄欧斯在下水道周旋时所目击到的狄欧斯身体的异变，意味着狄欧斯很大概率也感染了Z病毒。
【大灾变：母巢之战】
为了躲避Alpha部队的追捕，狄欧斯正在进行更进一步的进化。根据线索，Alpha小队追查到了一座废弃建筑，却发现狄欧斯已经包裹在虫蛹中并开始进化。
由于虫蛹十分坚固，常规武器甚至无法造成任何损伤，因此Alpha小队决定在建筑内安放C4，在狄欧斯再次苏醒前利用建筑倒塌的冲击力砸碎虫蛹。
但就在抵达顶部时，Alpha小队发现这实际上是一处被隐藏起来的研究设施，考虑到僵尸进化的核心数据可能就在这里，索伊请求小队收集研究所内的数据。Alpha小队最终成功回收了所有数据，并在C4爆炸前撤离了建筑。
然而因为搜索资料的缘故，Alpha小队错过了最佳的爆破时机，让狄欧斯得到机会从虫蛹中彻底苏醒，突破了废弃的建筑，而此时的狄欧斯的身型已经彻底蜕变完成，因此它的代号被重新定名为恶之根源——安格拉。
此时的安格拉已经没有了逃跑的想法，它决定在这座建筑外围彻底将Alpha小队铲除再飞出岛屿。为了不让安格拉离开岛屿，Alpha小队拼尽全力将安格拉牵制在了废弃建筑外。所幸在索伊的指引下，空中部队及时赶来，配合空中轰炸和地面上Alpha小队的通力合作，安格拉最终被成功击杀，加勒比海岛的噩梦也就此彻底结束。
EP3——真相大白的时刻和Rex博士的末日
- 此处剧情对应大灾变第四季
【生化大逃杀：生死时速】
加勒比海的狄欧斯事件结束后，政府派遣了一支特遣队突袭了一座先驱者的基地，回收了此前被先驱者所抢夺的异形斗兽样本以及研究资料。
原本任务很简单，只要将资料和样本运送到指定地点并转交给运输队即可，然而中途有一名队员在回收过程中不慎感染了病毒，特遣队的运输机不得不进行迫降，而幸存下来的队员也勉强抵达了指定地点，将样本装上了运输队指定的列车。
【大灾变：不期而遇】
特遣队的领队杰拉德正在等待运输队的人，而随着通信传来，杰拉德发现交接样本的正是【红色蜥蜴】佣兵团的领袖吉姆。
就在二人闲聊之际，一个巨型雪怪突然出现在杰拉德等人面前夺走了样本并逃之夭夭。
只是雪怪无视杰拉德等人，并且能够精准锁定样本这件事实在是过于蹊跷。实际上这一切也是Rex博士在暗中作祟。自加勒比海的狄欧斯事件后，越来越多的机关和政府开始秘密研究病毒，而这些人并不知道，他们所做的一切都是在无形间帮助Rex博士进行研究，而博士只要在合适的时机“回收”他们的研究成果即可。
早在特遣队回收样本前，政府的一名内部人员就已经被Rex博士收买，并泄露了携带样本的队员信息，因此雪怪得以在指定地点待命并夺走样本。
只是杰拉德不会允许这只雪怪抢走样本，因此他们一路追踪雪怪，最终在一片地下山洞内击杀了雪怪，并夺回了样本。
【大灾变：迷雾重重】
杰拉德和吉姆将样本运送到了指定位置——政府机构名下的一处研究所。
但迎接他们的，却是汹涌而来的僵尸，而这座政府机构名下的研究所只是个幌子，这其实是Rex博士的新研究所。
不明真相的杰拉德一行人被打的措手不及，只能呼叫直升机再次返回接送他们撤离。然而直升机在返回目的地后因为风雪太大而无法降落，又遭受了不明袭击而坠毁。因而杰拉德等人不得不深入研究所进行调查。发现其中还藏匿了不少他们以前从未见过的新型僵尸。
在研究所深处击败了委托人派出的巨型饕餮后，众人逃出了研究所。
只是，自上次事件后消失在大众视野里的Rex博士不可能独自一人建设如此大规模的研究所，这说明除了政府之外，很有可能还有另一股大型势力在暗中资助他。
【大灾变：雪域迷城、末日回响(前中期)】
研究所内如火如荼地在制造僵尸，还有最后看到的那个大型怪物，杰拉德和吉姆隐约感觉到了幕后黑手可能就是Rex博士，因此他们追踪他的踪迹来到了一处设施内，并在这里见到了博士的真面目。
博士向众人坦白了真相：指示他们运送样本的其实是自己而非政府，样本其实是用来辅助他的研究资料的存在，而他们在运送完样本后，等待他们的只有死路一条。
虽然僵尸是超级战士计划中失败的副产物，但Rex博士认为，这是人类进行进化的过程中不可避免的过程，他毕生的心愿只有一个，那就是利用Z病毒成功制作超级战士。为此博士不惜牺牲自己的两个养女艾薇尔和奈德瑞，在她们身上进行了超级战士计划的实验，并将她们派去阻拦杰拉德等人。
两个女儿虽然保留了作为人类的意识，但本质上依然和僵尸没有什么特别大的区别，因此她们最终还是被杰拉德等人彻底消灭。
【大灾变：末日回响(后期)】
在这之后，杰拉德和吉姆等人继续追踪逃走的Rex博士的踪迹并尝试进行追捕，终于发现了他藏匿的最后的实验设施并将这里的所有实验体和设备尽数清除。
Rex博士并不知道他们手中的武器是由自己曾经最信任的索伊协助开发的，他只知道他们的火力确实超出了他们的想象。
就在研究资料被销毁，博士被众人逼到无路可退时，他将多年来的研究成果注射到了自己的体内，并随着一声咆哮化身成了巨型怪物“邪神”。
尽管将自己曾经的诸多实验体的能力整合在了一起，作为邪神载体的Rex博士自身却变得极不稳定，因而在杰拉德和吉姆等人的重重围攻下，博士再也无法承受打击，最终被彻底消灭。
而随着这个开辟僵尸时代的真凶的死亡，世界迎来了和平纪元……
EP4——真正的幕后黑手和再度出现的超级战士计划
- 此处剧情对应大灾变第五季
Rex博士死去后，在政府的安排下，有关超级战士的相关信息已彻底封锁，包括针对媒体、研究机构、相关任务和企业的一切资讯，超级战士也逐渐从人们的视野中渐渐淡出。而那些已经成为超级战士的人则归入了政府旗下秘密管辖。
只是尽管世界各地看上去迎来了和平，但暗地里已经有无数的组织和机构在进行病毒实验，因此政府的管辖实际已经变得毫无意义。
另一边，如今担任Aegis研究所所长的索伊正在对研究所进行人力资源的补充，而以杰西卡和多米尼克等超级战士为首的人相应了索伊的号召，成为了研究所旗下的研究人员。
【大灾变：灾难先兆】
某天，杰西卡收到了一封奇怪的信件，而信件上赫然写着“Rex还活着”，以及一个被准确标注出来的地点。
杰西卡将这件事报告给索伊后，索伊认为这个信息虽然看上去有点胡扯，但也不能放任不管。因此她派遣了杰西卡和一支部队前往坐标地点进行调查。却在中途遭到了蝗虫群的攻击，不得不在废弃都市中进行调查。
而在都市中心，她们发现了一只奇特的怪物：有着蝗虫的身体特征，却能够正常和人类进行交流的名叫“刀锋战蝗”的生物。
在和刀锋战蝗对峙的过程中，它感觉到杰西卡也是一名超级战士，因此对其表示，如果她愿意跟它一起来，那么它就会告知杰西卡有关超级战士计划的真相。
但就在这时，一刀锋战蝗却被某处射来的子弹给击毙，而杰西卡等人也失去了能够了解真相的机会。
【大灾变：全面回忆】
杰西卡决定在城市中搜查击杀刀锋战蝗的神秘人物，而在搜查过程中，杰西卡等人再次遇到了一个和刀锋战蝗类似的，能够进行交流的人形怪物。
但这只怪物却对杰西卡表示“好久不见”。可杰西卡却怎么也想不出面前的人到底是谁。
发现自己已经被杰西卡遗忘的怪物很失望，并承诺一定会让杰西卡想起自己是谁。
随后，利用先前留下的发射器，他们追踪到了这个怪物的所在地——一处废弃许久的研究设施。而在设施内竟然捡到了杰西卡以前的身份证件。就在即将深入研究所进行调查时，传来了一阵爆炸将杰西卡等人击晕，而杰西卡回想起了曾经的记忆……
时间要到转到当初杰西卡被Rex博士抓走成为实验体的那段时间，当时除了她，还有一个名叫杰克的记者同伴也被抓走并成为了实验品，对这个地方感到毛骨悚然的二人决定悄悄溜走，而在逃脱过程中，他们偶然看到了索伊在和Rex博士进行争论。博士认为僵尸现在是在逐渐进化，是人类迈向更进一步的进化中所不可缺少的步骤；但索伊认为这些僵尸没有任何自主意识，是相当危险的存在，并不断规劝博士放弃实验。
二人不敢停留太久，不断在研究所内部搜寻逃生的道路。而就在即将抵达最后的逃生口时，杰克却被铁闸门挡在了实验室内部。而之前在启动紧急电力装置时，安娜趁着他们离开的间隙悄悄潜入了进来并安放了C4，爆炸最终将杰克吞噬，只有杰西卡一人成功逃脱。
醒来后的杰西卡终于想起了杰克，但杰克此时却陷入了癫狂向杰西卡发起了攻击来宣泄杰西卡“抛弃自己独自逃跑”的不满。只是杰克终究不是作为超级战士的杰西卡的对手，因而受到重伤败下阵来。弥留之际，他对杰西卡表示抱歉，自己不能再陪她走下去了，但她还有新的敌人需要面对。
【大灾变：真相疑云】
杰克死后，他身上的通讯器传来了呼喊杰克的声音，愤怒的杰西卡认为这可能就是让杰克变成这样的罪魁祸首，并不断追踪信号。
结果在抵达信号的所在地后杰西卡却发现，通信的另一头是索伊研究员。
索伊向杰西卡表达了歉意，她实际上想让杰西卡加入一个她紧急拟定的计划中，因此她决定让与杰西卡有交情的杰克去和杰西卡进行沟通，只是杰克误判的情况，最终导致了现在的局面。
就在这时，一个人形和机械结合在一起的怪物袭击了杰西卡等人，在杰西卡将其击毙后，索伊对杰西卡表示，如果她想知道真相，可以和自己一起上飞机，她会将真相毫无保留地告知给杰西卡。
【大灾变：无尽轮舞】
杰西卡在登上飞机后，怀揣着复杂的心情准备听索伊讲述真相。然而在起飞后不久，飞机遭受了来自不明无人机和一个带着翅膀状装置的人形生物的袭击，因而不得不迫降在一处废弃设施附近。
所幸设施附近有XT-300的训练设施，因而杰西卡和索伊等人得以联系研究所总部。而那个生物此时再次阻挡在了众人面前，杰西卡等人则拼尽全力将其斩杀。
在斩杀这个神秘的生物后，杰西卡不明白，它口中一直在喊着“主人”，那个主人的真实身份究竟是谁。而索伊向杰西卡揭露了真相：它口中的主人就是这一切的幕后黑手——道格拉斯财团的创始者，道格拉斯·雅各布。
实际上当初Rex博士的新研究所能有如此庞大的规模，就是因为道格拉斯财团在背后提供大量的资源协助Rex博士。道格拉斯的财团规模十分庞大，即使是Aegis研究所也无法与其抗衡。
之前直升机遭遇的来历不明的无人机袭击，其实是道格拉斯财团旗下的柯罗诺斯公司的杰作，他们发现了索伊知道他们的真实身份，因而尝试消灭索伊以防止他们的计划被打乱，为此道格拉斯财团甚至在Aegis研究所安插了不少内应。只是索伊及时发现了这个情况，并集结了不少可靠的同伴，因而道格拉斯没有得逞。
而现在，索伊希望杰西卡能够帮助她们共同对抗道格拉斯财团，杰西卡答应了索伊的请求，加入到了她的团队中。
EP5——先驱者的溃灭和叛徒的结局
- 此处剧情对应大灾变第三季以及第六季《绝命背叛》
【大灾变：绝命背叛（前期）】
尽管柯罗诺斯旗下有大量的子公司，但由于安保十分森严，因此除了极少数高层之外没有人知道柯罗诺斯总公司的情报。只是柯罗诺斯没有料到，之前担任过Rex研究所首席研究员的索伊恰好对这些情报略知一二。这也是她用来追踪柯罗诺斯的基础线索。然而这个行动无疑触怒了柯罗诺斯，他们也曾尝试在Aegis研究所内部安插内应尝试破坏情报，但索伊暗中集结了不少可靠的成员扩大了势力，因此柯罗诺斯尝试从内部破坏的计划没能得逞。由于无法从索伊开始下手，柯罗诺斯最终决定处理内部可能成为威胁的人物。
某天，道格拉斯·雅各布给先驱者公司的王牌佣兵卡里托亲自指派了一项任务：潜入一座研究设施窃取数据。虽然看上去并不是什么高难度的任务，但当卡里托和一众先驱者佣兵潜入设施后却发现情况没有想象中那么简单：先是在研究设施内意外发现了大量的僵尸，其次是在排除设施内的各种陷阱并成功上传数据后，道格拉斯却表示在检查内容时发现还有遗漏，并让卡里托等人再次上传遗漏的内容。这种把他们当猴耍的态度让佣兵们很不满，但卡里托表示他们是佣兵，不能对自己的雇主表达出任何不满，并带领部队继续执行道格拉斯的任务。只是卡里托本人也隐约察觉到有一丝违和感，这一连串的事情仿佛就像是想拖住他们的脚步一样。
即使如此，佣兵部队也出色地完成了任务。然而还没感受多少胜利的喜悦，先驱者基地突然传来了被袭击的消息，随后卡里托等人和先驱者基地彻底失去了联系。
【大灾变：堕落之源】
Rex博士的死亡与背后真相的公开震惊了全世界，而政府和恐怖分子在此刻互相推脱责任的时候，Rex博士的研究引发了蝴蝶效应——一些被金钱和权力迷惑双眼的人们开设了新的研究所并展开了病毒的研究，其中就包括大型雇佣兵公司【先驱者】。
在之前先驱者公司早就通过缴获政府护送队的异形斗兽样本获取了病毒的相关资料，虽然后面异形斗兽样本被政府夺回，但先驱者仍在此期间进行了部分研究并小有成果，而在Rex博士死亡后，先驱者更是在道格拉斯财团的大力支持下接过了Rex的研究工作。只是，先驱者公司缺乏安全的研究环境和安全意识，Z病毒在此期间不慎泄漏到了研究所内部。
时任先驱者作战参谋的诺曼发现起情况不对劲时，研究员以及大部分的雇佣兵们已经变成了僵尸并在基地内发起了攻击——因此卡里托才会在此时收到基地被袭击的消息。虽然先驱者公司的安保措施能够将僵尸隔离在内，但幸存者也同样如此，因此诺曼和一部分成员只能选择前往机库尝试搭乘鱼鹰撤离。
但背叛了先驱者公司的一部分人赶在诺曼等人来到前驾驶最后一架鱼鹰离开了先驱者公司。无奈之下诺曼只能呼叫AFC作为最后的求救手段，雪上加霜的是，原本计划用于消灭僵尸的新式泰坦装甲和着装者也被感染并成为了堕落泰坦，诺曼等人只能倾尽一切火力击杀所有堕落泰坦。
【大灾变：腹背受敌】
另一方面，接收到诺曼求救信号的AFC组织派遣了以大卫·布莱克和熏为首的一批精锐部队尝试营救诺曼，但奇怪的是，在接收到信号后，诺曼却没有再作出回应，大卫等人只好一边穿过满是僵尸的小镇，一边根据路线抵达先驱者基地。
然而在基地前，他们遭遇了被Z病毒感染，与装甲运兵车结合在一起的生物兵器铁甲巨蝎。大卫等人只好在进入基地前先解决这个大麻烦。
【大灾变：危机边缘】
在消灭铁甲巨蝎后，大卫等人成功进入了先驱者基地，但基地内的情况同样不乐观，而且熏在行动过程中受到了攻击，伤势十分严重，大卫等人只好将熏带到安全区域进行治疗，并牵制住来袭的僵尸。
而诺曼则决定派遣支援部队来帮助大卫一行人。结果大卫发现，赶来的战斗用机甲已经完全被病毒感染，成为了破面重甲。无奈之下大卫等人只好将破面重甲也一并击杀。
然而这其实是诺曼的调虎离山之计，在大卫等人被破面重甲牵制住的时候，天空中又飞来了一台破面重甲，将熏给劫走了。
虽然不知道诺曼为什么要背叛他们，但大卫是绝对不会放过这个厚颜无耻的叛徒的，因此他决定率领所有成员全部深入到研究所内部去救出被劫走的熏。
【大灾变：深度恐惧】
随着深入基地内部，大卫等人接收到了熏的无线信号。虽然熏表示自己在避难室里很安全，但诺曼看上去很不正常。
原来在之前的行动中，诺曼不慎感染了Z病毒，这使他彻底失去了理智，并且莫名其妙地启动了控制室的防御系统，但他似乎被什么东西吞了进去，只是还没等熏说完，通讯就因为受到了强烈干扰而被迫中断。
大卫等人不能怠慢，立刻抵达了控制室附近，所幸熏还留在避难室内并无大碍，但迎接大卫等人的是已经被感染的核心控制室防御系统，熏立刻意识到，诺曼正是被吞进了防御系统的内部。
大卫等人利用周围有限的地形和防御系统进行周旋，最终成功将其彻底击毙，并救出了熏。而随行的AFC组织成员在此时拷贝了先驱者基地的资料，获得了先驱者公司关于病毒的研究资料。
原来，解救诺曼只是个幌子，他们真正想要的其实是先驱者公司对Z病毒的第一手研究资料，只是，他们没有料到，这背后牵扯到的势力，超出了所有人的预料……
在AFC研究病毒资料的时候，意外地发现其中的主谋竟然是政府机构——原来政府表面上在强调病毒的危险性并假装试图遏制病毒扩散，背地里却在研究僵尸病毒，意图利用病毒再现超级战士计划。
然而这个资料是道格拉斯故意遗留在此让AFC获得的假资料(注)资料是真的，但道格拉斯将与自己有关的所有信息全部篡改为政府所为。，道格拉斯意图利用这份资料转移AFC的注意力将锅甩给政府好让自己脱身。但道格拉斯没有想到的是，另一边正在赶回基地的卡里托却会成为计划功败垂成的最大变数……
【大灾变：绝命背叛（中后期）】
另一方面，意识到大事不妙的卡里托决定率领众人立刻赶回基地，却在返程中也遭遇了袭击。而卡里托等人在搜救幸存者的过程中甚至遭到了本该守护基地的科曼奇武装直升机的攻击。就在卡里托等人一路与其周旋，并最终利用基地内仅存的炮台逼退卡曼奇后，等待他们的却是另一架科曼奇的无情炮击——道格拉斯为了隐藏自己的所作所为，将先驱者公司作为弃子彻底抛弃了。之前的任务就是为了故意将卡里托等人支开，好趁此机会将先驱者公司从内部开始瓦解。
只是卡里托等人奇迹般的在这场炮击中幸存了下来。道格拉斯原本还派出了旗下的特工Mrs.J试图彻底抹杀卡里托等人，但卡里托等人怀揣对道格拉斯背叛的恨意，在绝境中拼死反击，最终成功逼退了Mrs.J，而道格拉斯乘坐的科曼奇也在之后飞离了先驱者基地。只是这场战斗还是让绝大部分佣兵都阵亡，而卡里托也在此次战斗中失去了一只眼睛。
EP5.5——道格拉斯的危险计划和反抗道格拉斯的人们
- 此处剧情对应大灾变第六季《落日危局》、《破碎海岸》以及第七季《复仇联盟》。
【大灾变：落日危局】
世界各地的恐怖组织活动开始日渐猖獗，其中一个名叫落日军团的日本恐怖组织尤为突出，而且令人不安的是，有关落日军团的活动报告中出现了大量有关僵尸和落日军团一同行动的消息。情报局决定派遣崔智云潜入落日军团搜集证据。
而在此过程中，崔智云意外地发现了落日军团背后有一个神秘势力在帮助他们，但此时崔智云的踪迹被落日军团的伊琳娜发现，而崔智云为了获取决定性的证据决定切断和情报局的联系独自调查。
而伊琳娜借助神秘势力旗下一个名叫Mr.X的神秘男子的力量，找到并抓获了崔智云，将她囚禁在了落日军团的堡垒内部。而伊琳娜也借此机会得以和资助落日军团的神秘势力领头人会面……
另一方面，由于崔智云屡次擅自行动，加上这次行动后失去了和崔智云的联系，对崔智云有所怀疑的情报局派遣了梦瑶去调查崔智云。结果在暗中监视的梦瑶发现了崔智云的清白，并且在崔智云被抓获后立刻展开救援行动将其救出。
虽然Mr.X率领一部分落日军团成员出来阻截众人，甚至成为了生化怪物，但最终还是被众人成功击毙，众人得以逃出落日军团的堡垒。
在营救崔智云期间，崔智云一边对于自己的独自行动表达了歉意，一边向梦瑶分享了自己搜集到的情报：实际上以落日军团为首的恐怖组织逐渐在全球活跃并非偶然，道格拉斯财团的创始人道格拉斯·雅各布在暗中向恐怖组织资助了大量的资金，利用全世界的混乱为自己牟取利益，而不只是资金，他甚至将以僵尸为首的一些生物兵器售卖给了恐怖组织。
梦瑶认为，有必要立刻展开应对道格拉斯的计划。而道格拉斯本人并未意识到自己的信息已经暴露给崔智云等人，他此时正准备进行彻底隐藏自己身份和踪迹的“断尾”行动。此后，先驱者公司病毒泄露事件爆发，借助此次事件道格拉斯彻底清除了已无利用价值的先驱者公司。
【大灾变：破碎海岸】
另一边，在加勒比海上，加西亚舰队的指挥官露西亚正因为暴风雨过于强烈而导致基地补给无法抵达而苦恼，而在此时他们附近的一艘补给船发出了紧急求救信号。露西亚和恩佐率领部队抵达了补给船附近，可这艘补给船没有任何回应，因此露西亚等人决定暂时先将补给船带回基地。
可没想到在深夜时分，补给船突然发生了爆炸，随后大量的僵尸从补给船的货仓内蜂拥而出并袭击了露西亚等人。所幸露西亚等人反应及时，挡住了僵尸的袭击，并且根据僵尸的袭击路径杀入了补给船内部，结果在补给船内发现了一个名叫Big·C的螃蟹模样的突变个体。
在众人将Big·C歼灭后，露西亚决定调查和补给船内的僵尸有联系的人员，但现场已经一片狼藉，露西亚担心可能已经无法进行进一步的搜查。但恩佐表示他心里有点头绪：这艘船上搭载的补给箱上印有柯罗诺斯公司的标志，而当初在进行海盗扫荡战时，恩佐也看到过完全相同的补给箱。原本恩佐认为这只是海盗们掠夺而来的战利品，但那次战斗中也同样出现了大量僵尸，令他们一度陷入苦战。而如今类似的场面再次发生，那这就意味着当初出现的僵尸袭击并非偶然，海盗组织和柯罗诺斯之间一定会有某种关联。
恩佐认为，以海盗组织和柯罗诺斯有一定关联作为前提的话，那么就一定会有和柯罗诺斯签约的海上运输队的资料，因为这种大型军备公司没有道理去和一介小民做单纯的运送交易。如果是这样，那么他们要追踪的对象只有一个——一位名叫米迦勒的女人，不仅是印度洋上最大规模舰队的舰长的独生女，还是有着“降临在印度洋的死亡天使”之称的被下达了最高通缉令的海盗。
在认同了恩佐的判断并且确认了追踪目标后，露西亚下令，一部分队员留在原地进行整理，剩下的大部分成员正式展开针对米迦勒的追踪行动。
【大灾变：复仇联盟】
在调查过程中，露西亚截获了一个奇怪的信号，并派遣恩佐率领一支部队前去调查。结果发现信号的源头是一处港口，但是港口的内部却隐藏着一座大型基地。
在继续搜索的过程中，恩佐收到了来自米迦勒手下一个名叫渡鸦的男人发来的通讯，渡鸦暗示恩佐，发送信号诱导他们来到这座伪装成港口的秘密基地的正是他，但恩佐等人想对这个地方做什么他并不在意，他只给了恩佐一个另一处坐标并让他和露西亚等人一同前往，因为米迦勒有要事和他们商量。
虽然不知道米迦勒葫芦里卖的什么药，露西亚还是决定等去和恩佐回合，并在听取恩佐的详细报告后再决定要不要去。为了帮助露西亚更快定位到恩佐的位置，他对露西亚表示，他们现在所在的港口除了有大量柯罗诺斯旗下的集装箱，还有一些可疑的光学装置。借助恩佐的提示，露西亚成功抵达了港口并帮助恩佐等人消灭了此处的所有僵尸。
随后二人来到了指定的地点，却遇到了一些比较有意思的事：首先，道格拉斯财团资助的恐怖组织里包含了海盗组织，并且柯罗诺斯还将一只名叫机械巨齿鲨的海上机械生物兵器送给了海盗用于防卫。但由于道格拉斯之前在计划隐藏自己的身份，因此柯罗诺斯暗中让机械巨齿鲨失控并反过来攻击海盗等人。其次，由于对这种背叛行径十分反感，因此在坐标点，米迦勒见到了众人并表示，海盗想要让道格拉斯这个叛徒付出代价，而露西亚也在追查道格拉斯财团，两股势力可以借此达成合作关系共同对付道格拉斯。
权衡再三之下露西亚接受了这个提议，并且以海盗和海上舰队联手杀死机械巨齿鲨为起点，正式达成了临时的合作关系。
实际上，柯罗诺斯公司作为道格拉斯财团旗下的武器研发公司，开发了大量先进的兵器，而这座港口就是柯罗诺斯公司的一处伪装基地，恩佐在这里发现的光学装置实际上是柯罗诺斯正在开发的一种名叫【断域雷魂】的新式兵器，是利用在海上打捞出来的能量核心制作而成的武器。只是这个能量核心实际上是来自宇宙的神秘组织【仲裁者】的所有物，柯罗诺斯擅自利用能量核心制作武器的做法显然让仲裁者有点不满，因此仲裁者派遣了阿塔尼斯和阿克塞恩，在恩佐和港口的僵尸周旋期间秘密回收了所有的能量核心。而对于恩佐等人，他们并没有兴趣去介入对于他们而言相当于低等种族的人类的斗争，因此在回收了能量核心后，二人就离开了这片区域。而仲裁者达成了回收能量核心的目的，也没有再对人类进行进一步干涉。
EP6——复仇者联盟的成立与对道格拉斯的反击
- 此处剧情对应大灾变第七季除《复仇联盟》外的关卡以及第八季
【大灾变：殊死反击】
安葬好战友后，卡里托发誓要让背叛他们的道格拉斯血债血偿。在得知其名下的柯罗诺斯公司正在袭击Aegis研究所后，卡里托本着“敌人的敌人就是朋友”的想法，决定前往Aegis研究所帮他们击退柯罗诺斯公司的袭击。
但卡里托等人晚来了一步，伊琳娜很早就收到了来自道格拉斯的指令，率领着大量XT-300拦在了卡里托等人的面前并决定将他们彻底铲除。好在吉姆和杰拉德驾驶烈焰号及时赶来将XT-300尽数摧毁，卡里托得以继续前进，并和吉姆等人相遇。而不只是他们两个，索伊、杰西卡、崔智云、梦瑶、维克特，所有决心反抗道格拉斯的人都聚集在了这里，而卡里托也加入到了这个队伍中。
在修好烈焰号后，吉姆带领所有人驾驶烈焰号，准备前往道格拉斯旗下的柯罗诺斯公司总部发起总攻击。但柯罗诺斯在途中派出了大量XT-300截击烈焰号，逼迫吉姆等人不得不启动烈焰号的自爆程序和XT-300同归于尽。而在众人赶在爆炸前逃脱后，柯罗诺斯又派出了一台名叫【巨神兵】的巨型攻坚堡垒拦在了众人面前。借助不断抢夺降落在战场上的XT-300的火力，众人最终成功将巨神兵给击溃。只是烈焰号已经彻底报废，因此众人对柯罗诺斯的总攻击以失败告终，不得不进行战术性撤退。
【大灾变：曙光将临】
另一边，熏自从逃离先驱者公司后就一直出现原因不明的头痛症状，大卫·布莱克担心熏很可能在被诺曼抓走时进行了某种实验，因此经过多方辗转联系上了曾在Rex研究所进行研究的索伊。
索伊对熏进行了简单的检查后怀疑熏可能已经了一部分改造实验，只是具体的情况还有治疗方案需要有更多的研究资料作为数据支持，因此大卫和熏等人决定前往已经废弃的Rex研究所寻找资料。
只是这一路并不顺利，尽管研究所已经被废弃了很长一段时间，内部依然藏有大量被感染者在游荡，而且研究所内的保全设施还在正常运作，并将众人判定成了逃离的实验体进行攻击。不过最终众人还是成功摧毁了保全设施，并且得到了研究资料的备份数据。
【大灾变：前嫌尽释】
在离开研究所后，大卫等人来到了指定的见面地点，但是来迎接他们的不是索伊，而是杰拉德。
杰拉德先是呛了一口曾经让自己吃尽苦头的“老同事”，随后表示，索伊博士已经转移到安全的地方了，自己留在这里接应他们。而在转移过程中，一个奇怪的生物突然出现并阻截了杰拉德一行人。杰拉德等人一边逼退这个奇怪生物的进攻一边尝试呼叫直升机进行撤离。
大卫不知道这个怪物是何方神圣，杰拉德表示这个名叫疯狂爆破手的家伙是道格拉斯财团旗下的超级战士之一，相比较Rex研究的僵尸，在保有强大战斗力的基础上还留有人类的意识，但实际上性质更偏向于僵尸。
随后索伊发来了联络：之前杰拉德从大卫那里上传给她的研究资料已经分析完毕，但不幸的是熏已经被确认也遭受了超级战士的改造。万幸的是熏的体内奇迹般的产生了少量抗体延缓了改造的生效时间，但现有的资料无法彻底根除熏的改造，只能不断服用药物延缓改造效果，如果想要彻底根除，就需要从道格拉斯·雅各布那边拿到更多的材料才可能有突破。
大卫下定了决心，为了能够拯救熏，哪怕再怎么渺小的可能性他都不会放过。因此他带领众人一起加入到了索伊的团队中。
【大灾变：新的希望】
在加入到索伊的团队后，索伊表示，也许还有一个人可以加入到他们的团队中——就是那个此前曾独自潜入Rex研究所并将其引爆的神秘人士。
大卫和熏等人暗中调查了这个神秘人士的踪迹来到了一座军工厂内，只是这时熏的头痛再次发作，大卫不得不带着熏在军工厂内暂时整顿。然而此时伊琳娜突然出现在了这里并尝试将大卫等人封锁在军工厂内。
在躲避僵尸袭击的过程中，大卫在发现了一座通讯站，并成功联络到了维克特，在坚守一段时间后，维克特派出了一个老朋友帮助他们脱离了危险，而这个人就是曾经和维克特一同作战过的多米尼克，而多米尼克的身边还跟着B-Girl的成员艾琳。
见到偶像让熏感到很惊讶，但艾琳的情况也不乐观——她也是超级战士计划的受害者之一，幸好多米尼克及时将艾琳救了出来。尽管还没有正式加入到索伊的团队中，但自此之后二人就一直在进行针对道格拉斯的破坏行动。而伊琳娜此时再次出现在众人面前，并派出了又一个超级战士阻拦众人。但这个超级战士很快就被众人给摧毁，而伊琳娜也只能狼狈地离开现场。
这一次搜寻那个神秘人士的计划因为伊琳娜这个突如其来的意外而告吹。不过，多米尼克表示他也听说过这个人，而艾琳则表示大卫他们或许还有办法继续追查，只是想要知道更进一步的情报，他们可能需要去找到一个名叫【女王佣兵团】的雇佣兵组织，这个组织的首领梅丽莎一定知道些什么。
【大灾变：机械之心】
在艾琳的带路之下，大卫等人成功来到了女王佣兵团的驻地并会见了佣兵团团长梅丽莎，虽然这是一笔交易，但梅丽莎并没有向大卫等人索要佣金，只需要让他们倾听自己的经历即可：
原来，梅丽莎也是道格拉斯的超级战士的受害者，而且已经趋近改造完成，而和梅丽莎一同遭受改造的还有一个名叫卡巴斯的男人，但与梅丽莎不同，卡巴斯在改造完毕时已经失去了自己的人格，成为了纯粹的人形兵器。在恐怖分子袭击研究所时，二人得以搭乘直升机逃脱，但追踪部队很快就将直升机击落，二人不得不迫降在一处霓虹都市内，而迎接他们的是大量的僵尸。就在二人不断寻找逃生路线时，卡巴尔选择了牺牲自我让梅丽莎得以逃脱这片人间炼狱。因为自己被改造和这次事件，梅丽莎对道格拉斯怀恨在心，并且决定加入到他们的团队中一同对抗道格拉斯，同时也给出了关于那个名叫安娜的神秘人士的相关信息。
【大灾变：故伎重演】
另一边，由于伊琳娜屡次没能完成指派的任务，因此道格拉斯将落日军团视为已经失去作用的弃子，并在落日军团的驻点利用巨噬蠕虫和僵尸展开了大规模破坏和对落日军团的屠杀。伊琳娜和仅存的落日军团愤怒地杀死了巨噬蠕虫，而道格拉斯认为他们还算有点用处，暂时停下了对落日军团的处置，让他们继续为其做事。但对于伊琳娜来说，落日军团的成员就如同自己的家人一样，这件事肯定不能草草了结的，因此她虽然表面上答应了道格拉斯的指令，但内心已经在酝酿着反抗道格拉斯。
【大灾变：次元裂隙】
在梅丽莎加入到队伍中后，一次偶然的机会，大卫等人突然收到了疑似是安娜的无线电通讯，通讯的另一头表示，她会加入到大卫一行人的队伍中，前提是要来到指定的位置帮助她摧毁一处柯罗诺斯的秘密设施。只是大卫放心不下身边的熏，因此多米尼克和艾琳接过了这个任务，代替他们前往指定坐标。
在潜入设施后，他们又一次遇到了伊琳娜，心烦气躁的伊琳娜驾驶着机甲试图铲除多米尼克一行人，但最终还是寡不敌众被二人击败，此时二人恰巧又遇上了同样在搜查安娜下落的梦瑶，虽然没有逮到安娜，但梦瑶将伊琳娜带离了现场。与此同时，多米尼克和艾琳通关安娜的指示成功摧毁了此处的柯罗诺斯设施，但爆炸产生的能量扰乱了时空，将众人传送到了一处异世界村庄，并且发现及消灭了一只被封印的异次元怪物。
实际上，道格拉斯并非凭空变出这些夸张的超时空技术，从异世界而来的埃希娅和诺克斯曾尝试寻找回到异世界的方法，道格拉斯利用她们的这个想法得到了她们的协助，然而这项研究被安娜秘密发现，并最终在多米尼克和艾琳等人的协助下化为泡影。
柯罗诺斯设施爆炸后，道格拉斯的计划浮出水面，而柯罗诺斯公司也遭到了大规模调查。与此同时，在得知了落日军团的遭遇和伊琳娜想要复仇的决心后，梦瑶说服了伊琳娜加入到他们的队伍中为落日军团复仇，她们一同策反了落日军团，并且在此次事件后公布了有关道格拉斯的一切真相，导致曾经与道格拉斯友好的组织和人物都与他撇清了关系。而道格拉斯在被公开打上罪犯的罪名并遭到通缉后，诺克斯也和他断绝了往来。而道格拉斯不愿意承认这是他的结局，因此决定率领自己的超级战士军团正式向全世界开战。
EP7——与道格拉斯的全面开战
- 此处剧情对应大灾变第九季
【大灾变：进击序曲】
在开战之后，道格拉斯首先瞄准的目标，就是一直以来在试图和他作对的Aegis研究所。他派出了超重装火神和大量丧尸袭击了Aegis研究所的核心设施，为了夺回设施，索伊和杰西卡亲临前线，在突破重重障碍后击败了超重装火神，成功夺回了研究设施。
【大灾变：危险计划】
在成功夺回核心设施后，索伊解析了一下之前的超重装火神的数据，并成功锁定了一处柯罗诺斯旗下的秘密工厂，而这个工厂在试图大量制造包含XT-300和超重装火神在内的机械兵器。然而索伊等人需要在这里对设施进行维护，而Aegis研究所被重创后一时半会也派不出人手，无奈之下只能寻找外援。
幸运的是，卡里托的部队响应了索伊的请求，根据索伊提供的坐标发现了秘密工厂。在伊琳娜的帮助下成功渗透到了XT-300的生产线，并在安吉拉的暗中协助下摧毁了生产线，并破坏了工厂内所有的超重装火神。为了报答他们，安吉拉向他们透露了某个秘密研究设施的坐标，并且表示道格拉斯似乎在酝酿什么危险的计划。
为了阻止道格拉斯，多米尼克和艾琳根据坐标前往秘密研究设施，在察觉到这里是用于研究超级战士的设施之一后，二人将研究设施内的所有设备全部摧毁。
在来到研究设施外围后，二人遭到了超级战士之一的烈焰焚烬者的袭击，虽然成功重伤了烈焰焚烬者，但它却突然逃离了战场。艾琳想要立刻追踪烈焰焚烬者，但多米尼克决定先联系索伊让她了解一下这里的情况，而在战场上出现的奇怪容器，多米尼克认为有必要优先对其内部装载的物质进行调查。
【大灾变：喋血追踪】
经过一段时间的追踪，索伊成功在一座城市内定位到了烈焰焚烬者，但它现在正在胡乱破坏沿途的一切事物，因此索伊派遣了距离烈焰焚烬者最近的杰拉德和吉姆，前往烈焰焚烬者所在的区域将其彻底击败。
虽然烈焰焚烬者一路在狂轰滥炸阻碍杰拉德和吉姆，但他们最终还是在一片商业区中心追踪到并彻底击败了烈焰焚烬者。但烈焰焚烬者临死前将自身的所有能量发散出来引发了大爆炸，将杰拉德和吉姆等人炸下了下水道。
虽然这场爆炸没有把杰拉德和吉姆等人炸死，但二人不得不在地下区域寻找通往地面的出口。但在搜查的过程中，他们发现地下的构造和设施过于违和，而且刚才烈焰焚烬者的行为也有点可疑：与其说是在城市中破坏，不如说是故意把他们引到特定位置的陷阱。
随后，他们在行进过程中，意外发现了隐藏在地下设施的其中一个Rex实验室，甚至在这个实验室中读取到了和熏有关的超级战士资料。吉姆认为这或许是能够为她开发出解药的关键线索，不过杰拉德还是决定先把资料拷贝下来，等出去以后再说。
在前进的路上，杰拉德有了一种猜测：如果说像这种隐藏起来的包含超级战士资料的Rex实验室在其他地方也存在，那么道格拉斯肯定不希望在这种与全世界开战的情况下被别人发现，而烈焰焚烬者很可能就是因为收到了摧毁这处设施的命令，加上道格拉斯十分希望削减Aegis研究所的战斗力，才会不断在城市中搞破坏，吸引杰拉德他们的注意力。
随后，杰拉德发现了一个能够验证他想法的地方——在另一处实验室内，杰拉德等人从设施内回收了大量资料，其中不仅包含了Rex博士对超级战士计划的研究资料，更有一部分信息能够帮助他们直接查找道格拉斯·雅各布本人的所在位置。
但是，似乎是因为察觉到烈焰焚烬者没能成功摧毁设施，道格拉斯派遣了另一个名叫空中霸主的超级战士伏击了杰拉德和吉姆等人。不过，这名超级战士也没能阻挡住杰拉德和吉姆的步伐。随后，杰拉德和吉姆决定立刻返回并将资料交给索伊。这些资料或许能够在今后成为对抗道格拉斯的关键突破口。
（待补充）